Kinberg podobným způsobem dokončoval pro Fox také Fantastickou čtyřku, kde taktéž studio nebylo spokojené s režisérem. Spolu s X-Men: Dark Phoenix tedy Simon definitivně dostal důvěru, aby film připravoval nejen jako producent a scenárista, ale tentokrát už přímo jako režisér. Potíže nicméně neskončily.
Už ve fázi plánování probíhaly změny. Prapůvodně byl příběh zamýšlený jako dva navazující filmy a teprve v pozdní fázi pre-produkce se studio rozhodlo, že to bude jen jeden film. V jednom rozhovoru o natáčení dvou filmů dokonce mluvila Olivia Munn. Ta se měla vrátit jako Psylocke a plnit v příběhu úlohu, která nakonec připadla nové postavě Selene. To je však pouze drobná změna, Kinberg na pokyn studia musel připravit daleko větší úpravy.
Nevíme úplně přesně, co dva filmy měly obnášet, jisté je jen to, že z elementů obou dvou vznikli X-Men: Dark Phoenix a i po smrsknutí dvou filmů do jednoho úpravy neskončily. Původně se údajně měli ve filmu opravdu objevit mimozemšťané z říše Shi’ar, jak se v minulosti proslýchalo, a Jessica Chastain měla hrát jejich vůdkyni Lilandru. Mimozemšťané měnící podobu měli být Skrullové. Teprve později bylo rozhodnuto, že mimozemšťané budou méně známí D’Bari a z Lilandry se stala Vuk.
Zatímco o překopávání základní kostry se dosud příliš nemluvilo, přetáčení celého akčního finále je docela dobře zdokumentovanou skutečností. Dle dostupných informací měli v závěru mimozemšťané zaútočit na budovu OSN v New Yorku. V galerii můžete vidět dokonce pár záběrů z trailerů a artworky. Následně se měl boj přesunout do vesmíru, kde by Jean Grey zlikvidovala vlastnoručně nepřátelské kosmické lodi, podobně, jako se to stalo v závěru Captain Marvel. Právě kvůli podobnosti s Captain Marvel se údajně mělo finále přetáčet.
Alespoň to tvrdí některé zdroje, ale zrovna tuhle část Deadline zpochybňuje. Podle jeho informací nikdo z produkce neměl informace o tom, jak Captain Marvel bude vypadat a k úpravám došlo čistě na základě nespokojenosti testovacího publika. Závěr filmu byl původně intimní, byli v něm jen Jean Grey, Cyclops, profesor Xavier a Vuk. Testovací publikum však sborově volalo po tom, aby se do akčního závěru zapojily i další postavy.
